MBR膜污染的形成途徑主要有三個：
　　
1．濾餅層(cake 1ayer)主要是水透過膜時，被截留下來的部分活性污泥和膠體物質，沒來得及送走就在濾壓差和透過水流的作用下堆積在膜表面，形成膜污染。　　

2．溶解性有機物有機物的來源主要是微生物的代謝產物，它可在膜表面形成凝膠層，也可在膜內微孔表面被吸附而堵塞孔道，使膜通量下降。　
　
3．微生物污染膜面和膜內的微孔中有微生物所需的營養物質，因而不可避免的會有大量微生物滋生。

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